poniedziałek, 8 czerwca 2020

1989 - Trąba powietrzna koło Białobrzegów

Z okazji pierwszej niszczącej trąby powietrznej w tym roku, warto przypomnieć zdarzenie sprzed 31 lat:
" W piątek około godziny 18 nad Klamami, gm. Wyśmierzyce, woj. radomskie, powstała trąba powietrzna. Charakterystyczny lej pojawił się dwa razy. Nikt nie zginął ale huragan wyrządził znaczne straty.

- Najpierw zakołysał się las, gruchnął piorun i pojawiła się trąba powietrzna. Wtedy uciekłam na podwórko - opowiada mieszkaniec wsi Klamy, Krysztof Borowiecki. - Lej przetoczył się nad łanami żyta, prawie na wprost moich zabudowań. Na szczęście przeszedł bokiem. W chwilę później znowu nadciągnęła chmura. Z niej wyłonił się wir, zaczął padać deszcz, a później grad. Deski, wiadra, eternit - wszystko dookoła wirowało. Trąba przesuwała się z prędkością biegnącego mężczyzny. Podrywała dachy, całe stodoły, wyrwał drzewa a słupy trakcji elektrycznej pękały jak zapałki. Drżę do dzisiaj.

[Słowo Ludu nr.129 Poniedziałek 5 czerwca 1989, SBC Kielce]

Klamy to dziś mała miejscowość leżąca tuż na obrzeżach Białobrzegów.

poniedziałek, 25 maja 2020

Lawina na Hawajach

Wulkaniczne wyspy cechuje pewna niestabilność - ponieważ lawa szybko zastyga w kontakcie z wodą, ich brzegi często wchodzą pod wodę dość stromo, tworząc wręcz podwodne klify. Wyspa zbudowana jest też z naprzemiennych wylewów lawowych i materiału piroklastycznego. Dlatego na każdej z większych oceanicznych wysp wulkanicznych zdarzały się osuwiska, podczas których ogromny kawał lądu wpadał do morza.
Coś takiego zdarzyło się półtora miliona lat temu na Hawajach, po północnej stronie wyspy Molokai. Zapadnięciu uległ cały półwysep. Pęknięcie dotarło aż do podstawy tej wznoszącej się na kilka kilometrów od dna oceanu wyspy, dlatego łączna objętość osuniętego materiału przekroczyła 7000 km3.

Osuwisko widać doskonale na mapach dna morskiego w okolicy Hawajów - szczątki są porozrzucane na długości 100 km. Największy kawałek jest znany jako góra podwodna Tuscualoosa, wysoka na 2 kilometry i długa na 30. Zdarzenie wywołało też tsunami, które uderzyło w wybrzeża Pacyfiku.




Aktualnie na największej wyspie archipelagu obserwowane jest osunięcie Hilina, obejmujące cały południowy stok wulkanu Kiluea, które jak na razie dość powoli pełza w dół, z szybkością miejscami do 10 cm rocznie. Blok skalny podlega obrotowi - partie bliżej wybrzeża są lekko wypiętrzane, zaś w miejscu załamania stoku opadają. Uskok oddzielający masę sięga do głębokości kilku kilometrów, kilkakrotnie już był źródłem trzęsień ziemi. Podczas jednego z nich, w 1975 roku, wstrząs o sile 7 w skali Richtera został wywołany raptownym opadnięciem części osuwiska o trzy metry. Ostatni duży wstrząs w 2018 roku wiązał się z osunięciem o 60 cm. Siłą rzeczy więc naukowcy zastanawiają się, czy możliwe jest tutaj gwałtowne osunięcie całej masy osuwiska.

Ruchowi podlega obecnie około 10 000 km3 skał. Wpadnięcie czegoś takiego do oceanu wywołałoby tsunami, które na obszarze Hawajów osiągnęłoby kilkaset metrów wysokości, a jeszcze u wybrzeży obu Ameryk osiągałoby co najmniej kilkanaście. Oceny geologów są różne. W raptownej zapaści przeszkadzają w tym miejscu podwodne góry oraz wybrzuszenie osadów u czoła osunięcia, o które cała ta bryła się zapiera, stąd dominująca jest uspokajająca opinia, że jak na razie nic nie wskazuje na katastrofalny scenariusz. Z drugiej strony inne wyliczenia pokazują, że już przyspieszenie gruntu odpowiadające wstrząsam około 8 R wystarczy aby na płaszczyźnie uskoku pojawił się poślizg. Wychodzi więc na to że sam uskok jest zdolny wygenerować wstrząsy bliskie krytycznej wartości.

poniedziałek, 4 maja 2020

Drobne rośliny kwiatowe (21.) - Przetacznik blady i trójdzielny

Kolejne z naszych kilkudziesięciu przetaczników, tym razem z tych zakwitających dosyć wcześnie.

Przetacznik trójdzielny to drobna, niska roślinka, dorastająca do 20 cm wysokości, często występująca gromadnie. W miejscach mniej sprzyjających, suchych, pojedyncze rośliny osiągają tylko kilka centymetrów, zaskakując kwiatami na końcu niemal nagiej łodygi. Jego dolne listki, bliżej ziemi, są głęboko podzielone na trzy do pięciu płatów, siedzą parami na wznoszącej się łodydze. Liście wyrastające u szczytu pędu są tak głęboko podzielone, że w zasadzie rozpadają się na trzy lancetowate blaszki. Kwiaty ciemnobłękitne, wyróżniające się, zakwitające zazwyczaj najpierw na samych końcach pędów. Płatki podobnej długości co zielone działki widoczne między nimi. Cała roślina pokryta drobnymi, grubymi włoskami. Po przekwitnieniu kwiatu powstaje torebka nasienna podzielona pośrodku wyraźnym wcięciem, przez co nabiera kształtu zielonego serduszka.
Kwitnie w kwietniu, do maja, w sprzyjających warunkach zaczyna wypuszczać pierwsze kwiatki już w marcu.
Kwiat
Torebka nasienna i liście
Ogólny pokrój

Drugi przetacznik znaleziony nieopodal, to najprawdopodobniej p. blady. Dawniej uważany za odmianę lub podgatunek p. bluszczykowatego,  do którego jest bardzo podobny. Łodyga kładzie się na ziemi, dochodzi do 50 cm długości. Listki okrągławe, podzielone dwoma słabo zaznaczonymi wcięciami.
Najwyraźniejszą cechą gatunku są jednak kwiaty - o takim samym kształcie jak u pozostałych przetaczników, ale jasne. W zasadzie to białe z nieco różowym odcieniem, dobrze widocznym w kwiatach dopiero co rozkwitłych, potem blednące, jedynie ze słabo zaznaczonymi, ciemniejszymi żyłkami, czasem bardziej niebieskawymi. W sumie patrząc z dali wyglądają w trawie na białe, dlatego podejrzewam, że przez lata mogłem brać tę roślinę za którąś z wiosennych gwiazdnic.
Kwitnie od marca do kwietnia.

Oba gatunki znalazłem blisko siebie, w dolinie Bugu, w miejscu stosunkowo suchym, p. blady częściej w miejscach zacienionych przez krzaki.

niedziela, 12 kwietnia 2020

Drobne rośliny kwiatowe (20.) - Wiosnówka

Kolejna wczesnowiosenna roślina, która nie jest z tą porą kojarzona, bo jest tak drobna, że większość osób jej nie zauważa.


  Jako roślina z rodziny Kapustowatych ma drobne, białe kwiatki z czterema płatkami z wyraźnym wcięciem pośrodku, przypominające nieco tasznik, wznoszące się na zaczerwienionych szypułkach z rozetki drobnych liści tuż przy ziemi. Korzeń palowy, krótki.
  Upodobała sobie stanowiska suche i z niską roślinnością, pojawia się więc na późniejszych etapach sukcesji na piaszczystym podłożu, na obrzeżach zarastających grządek i pól okopowych, ale widuję ją też obficie w niezbyt udanych trawnikach, z przerzedzoną, bardzo nisko koszoną trawą na piaszczystym gruncie.

  Jej przepis na sukces to streszczenie cyklu życiowego w krótkim okresie - kiełkuje i wytwarza rozetkę liści jesienią, korzystając z wilgotniejszych warunków. W takiej formie zimuje i zaczyna rozwój, gdy tylko warunki pozwolą. Zależnie od tego ile zebrała sił i na ile pozwoliły warunki, wypuszcza jedną lub dwie szypułki z kwiatami, często rozgałęzione w drobne wierzchotki, dochodzące do 10-15 cm wysokości. W dobrych miejscach rozeta liści przy ziemi jest gęsta, nawet dwurzędowa i może wypuścić kilka soczystych szypułek kwiatowych. Jeśli warunki w danym miejscu były bardzo kiepskie, wówczas ogranicza się jak tylko można.
  Natykałem się na osobniki, które z rozetki liczącej tylko parę listków wypuszczały szypułkę długą na jeden centymetr, na której końcu pomieścił się jeden kwiat. Zważywszy więc, że korzeń często nie przekracza pół centymetra długości, jest to prawdziwa roślina w miniaturze.
Zgodnie z nazwą rodzajową kwitnie wcześnie - zaczyna wypuszczać kwiatki już pod koniec lutego, kwitnie najczęściej w marcu i kwietniu, w maju w większości miejsc obumiera wysypując drobne nasionka.
Niski trawnik obficie porośnięty wiosnówką. Wyglądał jak przyprószony drobnymi, białymi kwiatkami.
Dobrze sobie radząca wiosnówka z obfitą rozetą.

Ze względu na tą niezwykłą witalność zwróciło na nią uwagę ziołolecznictwo ludowe. Podobnie jak inne rośliny z tej rodziny zawiera olejki gorczycowe, co nadaje gęsiówce lekko szczypiący smak, nieco podobny do rzeżuchy, jeśli więc znajdzie się jej dostatecznie dużo, mogłaby być użyta jako składnik wiosennych sałatek. Ma działanie poprawiające trawienie, żółciopędne, przeciwbakteryjne oraz tradycyjnie "wzmacniające" i "czyszczące krew". [1]

------
[1] https://rozanski.li/2708/wiosnwka-pospolita-draba-verna-linne-jako-stomachicum-depurativum-et-cholagogum/


niedziela, 2 lutego 2020

Czy nowy koronawirus powstał z krzyżówki z wirusem HIV?

Ostatnio media ekscytują się doniesieniem z Indii, że sekwencja genów nowego koronawirusa z Wuhanu wykazuje podobieństwo do wirusa HIV, a ponieważ wirusy nie mogły się połączyć naturalnie, to ktoś musiał go sztucznie zrobić. Przeanalizowałem jednak źródłową publikację i nie był bym tego taki pewny.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf

Omówmy na początek czego dotyczyła analiza - badano gen odpowiedzialny za tak zwane białko S, czyli "spike protein", będące tą częścią otoczki wirusa, która przyczepia się do komórki gospodarza. Tworzy ono na zewnątrz wirusa otoczkę grubych wypustek, które na zdjęciach mikroskopowych układają się w jakby koronkę. Stąd nazwa Koronawirus. Jego dokładny kształt i sekwencja decydują o tym, jaki gatunek zwierzęcia będzie łatwo zarażany a jaki trudno. Wcześniejsze analizy pokazały, że w przypadku wirusa z Wuhanu dopasowanie jest wysokie, co przekłada się na dobrą zakaźność i osiąganie wysokiej wiremii (stężenia cząstek wirusa w ustroju i wydalanych wydzielinach, którymi zarażają się kolejni).
Wiele wersji genomu wirusa zostało opublikowanych w naukowych bazach danych, daje więc to możliwość sprawdzania podobieństw do innych wirusów i opracowania ewentualnych źródeł, czy śladów transferu genów. Stąd biorące się już podejrzenia niektórych badaczy, że nowy wirus to mieszanka szczepów nietoperzych, wężych i może nawet ptasich, bo do receptorów komórkowych tych zwierząt też w pewnym stopniu pasuje końcówka proteiny.

Podobną analizę przedstawiono w tej pracy, tylko tutaj wykonano porównanie z innymi wirusami ludzkimi, nawet niespokrewnionymi z koronowirusami. Przetłumaczono geny wirusów na aminokwasy, które kodują, i które są podczas sczytywania kodu łączone w ostateczne białko (trzy kwasy nukleinowe kodują jeden aminokwas białka). Odsiano ze znanych sekwencji fragmenty identyczne ze znanymi koronawirusami (czyli 75-90% genomu, bo takie było podobieństwo z wirusem SARS) i przeanalizowano tylko sekwencje unikalne dla nowego wirusa.W sumie znaleziono cztery sekwencje aminokwasów, które były wspólne dla wszystkich wtedy dostępnych genomów wirusa z Wuhanu i nie pojawiały się w pozostałych koronawirusach. 

Następnie na różne sposoby porównywano te fragmenty z zapisanymi w naukowych bazach danych o genach wirusów ludzkich i znaleziono je całe lub przedzielone krótkimi odstępami w danych na temat trzech szczepów wirusa HIV.  Trzy fragmenty pasowały do białka  HIV1-gp120 tworzącego strukturę kapsydu a jeden do białka HIV1-gag odpowiedzialnego między innymi za interakcję wirusa z błoną infekowanej komórki.

Idąc dalej autorzy twierdzą, że mało jest prawdopodobne, aby był to zbieg okoliczności, bo może krótkie fragmenty białek mogłyby przypadkiem się zgadzać, to niemożliwe jest aby cztery fragmenty jednego wirusa pasowały do czterech fragmentów drugiego ale tego samego wirusa. Na dodatek stwierdzają, że fragmenty te wykazują podobne specyficzne cechy umożliwiające lepsze wiązanie z komórką gospodarza. Zwierają głównie aminokwasy mające w warunkach ustroju dodatni ładunek, które mogą silniej oddziaływać z błoną komórkową zawierającą fosfolipidy o ładunku ujemnym i to też nie może być przypadek, że akurat te fragmenty wykazują takie cechy. Zaś w modelowaniu kształtu białka wirusowego te cztery wstawki znajdują się na zewnętrznych częściach cząsteczki, pełniących rolę w oddziaływaniach z komórką gospodarza.

Konkludują, że wyniki te wskazują na niekonwencjonalną ewolucję wirusa.

Wniosku, że wirusa ktoś stworzył, jawnie w pracy nie przedstawiają, to już sobie dośpiewali dziennikarze.

Problemy
Nie jestem może w tym zakresie specjalistą, ale widzę tu trochę problemów do wyłapania dla każdego, kto poczytał sobie kiedyś trochę prac naukowych. Zacznijmy od drobniejszych, związanych z logiką wywodu. A może w zasadzie od braku dobrego wywodu.

* Dlaczego to nie może być zbieg okoliczności? - Bo to mało prawdopodobne... Czyli właściwie jakie jest to prawdopodobieństwo? Tego autorzy nawet nie próbują szacować. Stwierdzają to jakby szło o coś oczywistego.

* Faktem mającym wspierać pełnienie w białku podobnej funkcji tych sekwencji ma być ilość dodatnio naładowanych aminokwasów, która w sekwencjach wirusa z Wuhanu i HIV jest taka sama. Sęk w tym, że nie jest to nowy fakt. W zasadzie wyliczenie jaki jest stosunek ilości aminokwasów dodatnich, obojętnych i ujemnych w tych sekwencjach, co zajmuje trochę miejsca w tabelach, ja bym nazwał nieco bardziej skomplikowaną wersją stwierdzenia, że te sekwencje są identyczne.
Oni najpierw stwierdzili, że sekwencje zawierają te same aminokwasy, a potem wyliczają że... zawierają te same aminokwasy w takiej samej ilości. Nie dość, że stwierdziliśmy, że sekwencja ABAADAAB wirusa X jest taka sama jak sekwencja ABAADAAB wirusa Y, to jeszcze w dodatku stwierdziliśmy, że sekwencja ta w wirusie X zawiera  5 A, 2B i 1D a w wirusie Y 5 A, 2B i 1D i to drugi fakt, który wspiera nasze wnioski!

* Czy nie może to być efekt konwergencji? - W wyniku podobnych warunków reprodukcyjnych ewolucja może doprowadzać do podobnych rozwiązań u niespokrewnionych organizmów. Jeśli dodatnio naładowane aminokwasy polepszają wiązanie białka wirusa z błoną komórki, to ewolucja powinna promować szczepy zawierające na odsłoniętych fragmentach białka większe zagęszczenie takich właśnie aminokwasów.
Zmniejsza to liczbę możliwych kombinacji aminokwasów (same ujemne aminokwasy i ich zagęszczenia będą eliminowane) i zwiększa szansę, że może to być jednak zbieg okoliczności. W zasadzie można by to zbadać, patrząc czy fragmenty białka odpowiadające tym właśnie miejscom w Spike Protein SARS też mają takie zagęszczenie dodatnich aminokwasów, mimo innej sekwencji. Wiemy, że SARS całkiem nieźle zarażał ludzi, więc w jakiś sposób musiał także być dostosowany do wiązania z komórkami.

Główny problem jest bardziej podstawowy. Chodzi tu mianowicie o to jakie właściwie sekwencje wykazały identyczność. Otóż fragmenty białek identyczne w obu wirusach są cholernie krótkie. Mówimy tu o białkach mających po kilka tysięcy połączonych aminokwasów. Autorzy znaleźli identyczne fragmenty o długości 6-12 aminokwasów...
Oto te kawałki (litery to oznaczenia aminokwasów:
1. CoV - TNGTKR  HIV - TNGTKR
2. CoV - HKNNKS  HIV - HKNNKS
3. CoV - RSYLTPGDSSSG  HIV - RTYLFNETRGNSSSG
4. CoV - QTNSPRRA  HIV - QTNSSILMQRSNFKGPRRA

W niektórych przypadkach identyczne są fragmenty przedzielone innymi aminokwasami, oraz z niektórymi podmienionymi na inne o podobnej polarności. Ciężko tu mówić o 100% identyczności. Jeśli więc mamy cztery kawałki tak małej długości, o nie do końca spełnionej identyczności, z możliwym wpływem konwergencji, to pytanie o to jakie dokładnie jest prawdopodobieństwo przypadkowego zajścia takiej zbieżności, staje się kluczowe. Ale właśnie tego autorzy pracy nawet nie szacowali.

W dodatku używając tej samej bazy danych, z której korzystali autorzy można zauważyć, że sekwencje te nie są specyficzne dla wirusa HIV. Tu jedna z tych sekwencji:
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&RID=394BN2KE016
Występuje w trzech szczepach koronawirusa z Wuhanu oraz dziesięciu szczepach wirusa HIV. Oraz w białku kapsydu szczurzego astrowirusa. Oraz w kilku szczepach bakterii Streptococcus. Oraz w bakteriofagu Mycobacterium. Oraz w bakteriach z rodzajów Escherichia i Yersinia... Wszystkich wyników w bazie jest ponad dwieście.Wśród wyników są też białka kapsydu nietoperzych koronawirusów co oznacza, że zgodnie z metodologią autorów ta sekwencja powinna się w pracy w ogóle nie znaleźć, bo mieli badać tylko unikalne dla wirusa z Wuhanu.

Ogółem: autorzy chyba się bardzo spieszyli, więc wyciągali wnioski za szybko, bez postarania się o dobry wywód i z nadmiernym skupieniem na sensacyjnie brzmiących wynikach. Można to zresztą ocenić dużo gorzej ale nie wiem jak jest, nie znam ich, nie wiem czy są tacy cyniczni aby wypuścić wiarygodnie z pozoru wyglądającą fałszywkę.